白色彗星帝国との戦いから三年──。
滅びに瀕したガミラスを救うべく新たな母星を探し続けていたデスラー総統。しかし候補となるその星は、強大な星間国家の領域内であった。
一方、自らの帰還と引き換えに時間断層を失い、自責の念に駆られながらもヤマトの新艦長の任に付いた古代は、来るべき有事に備え、新しいクルーたちと共に訓練航海に旅立つ──。

西暦2202年。宇宙戦艦ヤマトによるイスカンダルまでの16万8千光年の大航海から3年、
地球はヤマトが持ち帰ったコスモリバースシステムによりかつての青い輝きを取り戻していた。

地球連邦政府はガミラスと和平条約を締結し、復興を進める一方で侵略行為を行う帝星ガトランティスに対して共同戦線を張っていた。
イスカンダルとの約束を破り「波動砲艦隊構想」に基づく軍拡を進めていることに疑問を抱くヤマトクルーたち。

そんな彼らの元に宇宙から謎のメッセージが届く。
伝説と思われていたテレザート星とメッセージの発信者である「テレサ」の存在を知った古代をはじめとするヤマトクルーたちは一つの決断を下す。
いま再びヤマトの遙かなる航海が始まる。

西暦2199年。人類は絶望の淵に立たされていた。
外宇宙から襲来した謎の星間国家〈ガミラス〉による遊星爆弾により地球は壊滅的な被害を負い、人類滅亡までの猶予はわずか一年…残された最後の希望。
それは、人類初の恒星間航行が可能な宇宙戦艦ヤマトで、ガミラスの攻撃によって汚染された地球を浄化再生するシステム〈コスモリバースシステム〉を受け取りに行く〈ヤマト計画〉だった―――

人類の命運を懸けた16万8千光年の大航海を追想する。